Il microbiota è l'insieme dei microrganismi che vivono in simbiosi con il nostro corpo; popolano tutti gli apparati che hanno una comunicazione con l'ambiente esterno: l'apparato digerente, respiratorio, genito-urinario e tegumentario. Un numero sterminato, costituita da miliardi e miliardi di batteri, virus, organismi unicellulari. E' stato stimato che il rapporto numerico tra le nostre cellule e il microbiota sia uno a dieci e il rapporto con i virus sia ancora maggiore. La ricerca, negli ultimi anni, ha svelato la straordinaria importanza dei microbioti sia nel mantenimento dello stato di normalità e di salute sia come causa di malattie proprio in conseguenza della rottura dell'equilibrio tra le varie specie di microrganismi (disturbi cardiovascolari, obesità, sindrome metabolica, diabete, intolleranze alimentari, allergie, ecc....).

Oggi il microbiota intestinale è considerato a pieno titolo uno dei fattori metabolici coinvolti nello sviluppo dell'eccesso di peso fino all'obesità. Insieme all'alimentazione, fattori ambientali e comportamentali, ai geni e agli ormoni che controllano l'appetito e l'assunzione di nutrienti, la composizione della flora intestinale può determinare uno stato proinfiammatorio, condizione tipicamente associate all'eccesso di peso. Di vitale importanza quindi è porre la massima attenzione nel consumare cibo naturale ed evitare cibo industriale. In relazione alla longevità recentemente le ricerche scientifiche hanno evidenziato che la maggiore quantità di specie batteriche benefiche, ritrovata nei campioni fecali dei centenari, potrebbe influire sulla loro lunga durata di vita. In particolare questo è stato visto in uno studio di Lei Wu et al. sui centenari della città di Jiaoling (Cina) pubblicato su Nature il 24 Dicembre 2022. Il microbiota intestinale potrebbe annoverarsi quindi tra le maggiori variabili legate alla longevità, sebbene non si disponga ancora di prove esaustive per formulare una teoria definitiva.

Con l'eccezione del cervello, l'intestino costituisce forse l'organo più complesso negli esseri umani. Ciò che governa la complessa interazione tra migliaia di miliardi di batteri e l'intestino in cui vivono è il livello di fibra fermentabile nell'alimentazione. Si tratta infatti di una componente essenziale della dieta che preserva la sottilissima barriera tra noi e i miliardi di batteri che si trovano nel nostro intestino, pronti a cogliere l'occasione di invadere il sistema circolatorio e provocare un significativo danno infiammatorio.
La principale arma a nostra disposizione per una coesistenza pacifica con i batteri è rappresentata dalle barriere che, nell'intestino, tengono separati i nostri due mondi. Queste barriere però devono anche consentire ai nutrienti digeriti di essere assorbiti dall'organismo per garantirne la sopravvivenza, sono costituite da uno strato più interno rappresentato dal muco, da uno intermedio costituito dalle giunzioni serrate e uno più interno rappresentato dalla pattuglia di cellule immunitarie allineate dietro la parete intestinale, pronte ad aggredire e neutralizzare frammenti di proteine o microrganismi prima che penetrino nell'organismo e causino un significativo danno flogistico che sfoci in infiammazione cellulare sistemica.

Il protagonista dell'integrità della barriera mucosa è un batterio, detto Akkermansia muciniphila. Questo batterio, infatti, si trova prevalentemente negli strati esterni della barriera mucosa e impedisce ai microrganismi più patogeni di avvicinarsi alla parete intestinale. Purtroppo, però, se all'intestino non viene fornita una quantità adeguata di fibra fermentabile, Akkermansia  per nutrirsi ricorre proprio ai polimeri di carboidrati che costituiscono la barriere mucosa compromettendo la prima linea di difesa.
Anche il secondo strato della barriera intestinale, quello costituito dalle cellule occludenti (occludine), è stimolato in modo benefico dagli acidi grassi a catena corta, che sono i principali prodotti del metabolismo della fibra fermentabile nella dieta. Da tutto ciò è facilmente intuibile quanto sia importante la presenza nella nostra dieta di verdura e frutta, fonti principali di fibre fermentabili dai batteri del nostro intestino.

Le disfunzioni del microbiota vengono definite disbiosi. La disbiosi intestinale è quella più conosciuta ed è la più importante per gli stretti rapporti con il sistema immunitario e è pericolosa perchè nel tempo determina aumento della permeabilità delle cellule intestinali e quindi una diminuzione del potere di filtro di queste cellule.
A tal proposito  di recente, un gruppo di ricercatori ha scoperto che in condizioni di maggiore permeabilità intestinale  le endotossine derivate da Escherichia coli, un batterio comunemente presente nell’intestino, potrebbero entrare nella circolazione sanguigna, innescando la formazione di coaguli di sangue nei vasi che trasportano ossigeno e sostanze nutritive al cuore. 
Quindi la comunità dei batteri è vitale per l'essere umano: è la vera base della sua salute. Una vita sana deriva da un rapporto regolato e naturale fra i batteri e le cellule dell'organismo, un'interazione che è al tempo stesso in sintonia con il sistema immunitario.

Farmaci come chemioterapici oncologici, antibiotici ad ampio spettro, antiinfiammatori sono causa di permeabilità intestinale e quindi di infiammazione.
Lo stress può compromettere la salute dell'intestino perchè induce un'attivazione di ormoni come il CHR (ormone di rilascio della corticotropina) accelerando i fenomeni di permeabilità intestinale.

Negli ultimi decenni, l’occidentalizzazione delle abitudini alimentari ha portato al crescente consumo di additivi alimentari, incorporati in quasi tutti gli alimenti trasformati. Tra questi, il sale è uno dei più importanti additivi naturali utilizzati per la conservazione degli alimenti. È noto che l’elevato consumo di sale altera la composizione del microbiota intestinale e la produzione di acidi grassi a catena corta fecali, influenzando l’asse intestinale-immunitario attraverso la modulazione delle cellule T helper 17 e promuovendo l’infiammazione dei tessuti locale e sistemica, che può portare a ipertensione e obesità. 

I dolcificanti artificiali non calorici sono caratterizzati da una elevata intensità dolcificante ed apporto calorico limitato ed hanno un impatto negativo sul microbiota. Si trovano principalmente in bevande analcoliche, snack, caramelle senza zucchero e prodotti lattiero-caseari.  Secondo una recente revisione sistematica, sull’uomo e sugli animali, il consumo di dolcificanti artificiali, tra cui acesulfame K, aspartame, saccarina, sucralosio, ciclamato e neotame, è associato alla disbiosi intestinale. 
I polioli sono zuccheri che sitrovano naturalmente in alcuni frutti, verdure e funghi. La FDA e l’EFSA hanno approvato diversi polioli come eritritolo (E-968), maltitolo (E-965), sorbitolo (E-420) e xilitolo (E-967) da usare come dolcificanti. Sono utilizzati principalmente in gomme da masticare, caramelle e bevande. Anche questi zuccheri alterano la barriera del microbiota caretteristico della disbiosi.
I coloranti alimentari sono principalmente aggiunti a formaggi, salse, latte scremato, gelati, dolci, cioccolatini e chewing-gum. Il biossido di titanio (TiO2 ) è comunemente usato come agente sbiancante o schiarente nei prodotti alimentari. TiO2  è indicato come E171 in Europa. Negli ultimi anni, vari studi hanno identificato l’impatto del consumo orale di TiO2 sulla composizione del microbiota intestinale nell’uomo come corresponsabile della disbiosi. 
L’introduzione di glicosidi di stevia, steviolo e derivati in particolare, influenza negativamente l’equilibrio batterico interferendo nel networking e nella comunicazione batterica aumentando di conseguenza il rischio di problematiche legate a disbiosi.

I conservanti alimentari sono sostanze naturali o sintetiche che ritardano la degradazione negli alimenti. Possono inibire la crescita di batteri, funghi o antiossidanti e inibire l’ossidazione dei costituenti alimentari. Sebbene i benefici e la sicurezza dei conservanti artificiali siano dibattuti tra scienziati alimentari e tossicologi, si sa poco sul loro effetto sul microbiota. Solo uno studio recente ha rilevato un impatto significativo del consumo di una miscela di benzoato di sodio, nitrito di sodio e sorbato di potassio creando quindi uno squilibrio della flora batterica (disbiosi). evidenziando una crescita eccessiva di Proteobatteri e una diminuzione di Clostridiales creando quindi uno squilibrio della flora batterica (disbiosi). Non bisogna dimenticare che il tessuto adiposo non è solo un magazzino in cui viene stivato il grasso di troppo. Le sue cellule producono sostanze che influenzano il funzionamento del sistema immunitario , il metabolismo e i livelli di infiammazione, non solo nei depositi di grasso ma soprattutto negli organi circostanti. E' proprio da questo stato infiammatorio degli organi viscerali che si creano le basi per future malattie cardiovascolari, metaboliche e degenerative. Per approfondimenti vedi la sezione "Riferimenti scientifici" e/o "Letture consigliate".